После оформления Словакии в качестве суверенного политического субъекта развитие ее политической системы характеризовалось процессами перегруппировки и поляризации сил. Весной 1999 в Словакии разрешился политический кризис, связанный с отсутствием (со 2 марта 1998) президента страны: Михал Ковач, избранный парламентским большинством в 1993, вступив в конфликт с премьер-министром страны В.Мечьяром, оставил свой пост. Потерпев поражение на парламентских выборах в сентябре 1998, Мечьяр заявил о своем уходе с политической сцены, но после принятия словацким парламентом в январе 1999 решения о проведении прямых всенародных выборов президента, выдвинул свою кандидатуру. Его опорой стала парламентская оппозиция, главным образом ДЗДС, набравшая наибольшее число голосов (ок. 500 тыс. при 3 млн. голосовавших). Оппонентом выступил мэр Кошице 65-летний Рудольф Шустер, в прошлом председатель словацкого парламента в ЧССР, член центрального комитета Компартии Словакии. Шустер, кандидат правительственной коалиции, получил во втором туре выборов (30 мая 1999) 57% голосов, в то время как Мечьяр – 32%. Выборы президента упрочили позиции парламентского большинства, а также усилили прозападный курс страны во внешней политике: было заявлено о стремлении максимально быстро вступить в НАТО (весной-летом 1999 правительство поддерживало НАТО во время проведения военной операции против Югославии, предоставляя аэродромы и транспортные коммуникации странам Запада) и в Европейский союз (ужесточая монетаристский курс и свертывая торговые связи с Россией и соседними странами).